BioEdit 7.2.9免费版分子生物学序列对比分析工具

BioEdit是一款分子生物学必备的序列对比分析软件。对于分子生物学用户你一定非常喜欢这款专业的序列对比分析工具BioEdit。软件对于所有常规分析程序，例如序列比对，序列搜索，引物设计，系统发育分析等，以及DNAMAN，可以完成核苷酸序列和蛋白质序列。

常见问题：

如何导入序列

打开BioEdit序列并选择要复制的序列。

选择序列中的提取位置。

输入起始和结束位置，然后单击“确定”。

按Ctrl + C复制，创建一个新文件，然后选择从文件夹中导入剪贴板。或直接复制到记事本中。

如何分析序列

开BioEdit软件并将序列粘贴到文本文档中，例如：“sequence1”，注意fasta的格式：

点击BioEdit软件的“文件>打开>”打开“文本文件序列1”：

选择“sequence1”后，在标题栏中选择“序列”>“核酸”>“限制图”。

在新界面中选择“生成地图”。

在出现的界面中，通过分析获得的切割位点的图谱显示序列中每个切割位点的位置，并将滚动条拖到底部以观察酶不能切割的切割位点。

如何出口

您可以调整显示，您需要调整结果：文件另存为

Txt格式可以编辑结果

软件功能：

四种手动对齐模式：选择和滑动，动态抓取和拖动，间隙插入和删除鼠标点击，以及在文本编辑器上键入屏幕。

使用单独的核酸和氨基酸颜色表以及综合控制背景颜色对齐颜色和编辑颜色。

用于从DNA序列自动创建质粒载体图谱的质粒作图界面。标记位置很容易，添加箭头和曲线框的特征，并标记限制点。它使用绘图工具显示详细的多连接和绘制可移动箭头和形状。

根据动态信息对齐阴影。

单击颜色表进行编辑

显示和打印具有专业外观输出的ABI色谱图。

将序列分组或分组。

锁定用于同步手对齐调整的数据包序列的对齐方式。

在“对齐”窗口中使用动态视图注释图形序列，包括要素注释信息工具提示。

锁定序列以防止意外编辑。

指定在氨基酸和核苷酸序列中被认为有效的字符。

按名称，轨道，定义，连接，PID / NID，参考，注释或所选列中的剩余频率对序列进行排序。

按参考序列合并对齐。

将一个对齐添加到另一个。

基本的系统发育树查看器（用于PHYLIP格式树）允许节点翻转和打印。

在单序列编辑器中口服读取序列以验证手写类型的序列条目。

读写GenBank，FASTA，PHYLIP 3.2，PHYLIP 4和NBRF / PIR格式。现在还阅读GCG和Clustal格式

使用Don Gilbert的RealSeq自动导入和导出11种其他格式，包括MSF，ASN.1，IG / Stanford和Enbl。

允许直接从剪贴板导入兼容格式，而无需先将其保存到文件中。

自定义编辑器窗口的快捷菜单

RNA比较分析，包括协变，潜在配对和互信息分析（目前能够生成高达10000×10000的矩阵 - 但这将是一个600 + MB文件）矩阵绘图仪2-D矩阵输出表和区域绘图单个行数据M Atrix Matrix绘图仪和折线图具有点和点数据选择，矩阵绘图仪和矩阵数据的一维图现在动态链接。

使用绘图仪查看非常大的矩阵的横截面（测试为5183×5183矩阵= 180 MB文件）

查看和操作多达20,000个序列。

二进制文件格式（BioEdject项目格式）用于快速打开和保存大型阵列 - 在233 MHz奔腾下，在不到10秒的时间内打开并保存6205个原核16S rRNA比对序列（29 MB文件）。

用户定义的首选项ORF搜索

用密码子对核酸序列进行格式化翻译，选择一个或三个字母的氨基酸编码，仅选择核酸区域的翻译，并选择起始/终止密码子

拆分窗口视图，用于同步和同步同一文件中的两个不同位置 - 垂直或水平拆分窗口

氨基酸和核苷酸组成的分析和绘图

编码蛋白质的核酸序列通过氨基酸翻译进行比对。

CulsSTW多序列比对（内部接口，DES Higgins等人的外部程序）具有对齐的蛋白质全标题和GenBank字段信息的自动更新，以及来自蛋白质序列的核苷酸序列的核苷酸序列编码。

蛋白质疏水性/亲水图

蛋白质疏水矩矩阵图（0-180）

系统字体可在编辑窗口中选择

限制或任何框架翻译，多种酶选择和输出选项，循环DNA功能

限制酶

可以操纵至少4.6 Mb长度的序列（迄今为止测试的最大序列是大肠杆菌基因组（4.6 MB） - 打开大肠杆菌，反向补充，翻译成10125个密码子延伸> 100个氨基酸，并完成GenBank注释被打开并保存）。

六个框架翻译能够执行整个基因组的原始翻译（用大肠杆菌基因组测试，大约4.6MB）。

使用跟踪，定义，登录，PID，NID，DbS源，关键字，源，引用，注释和完整功能字段保存GenBank格式的EntZEX文件。修改或添加您自己的信息。以GenBank格式保存的多个序列文件保留任何输入信息。此信息也以BIOGEDIT项目文件格式保存。

通过BIGEDGE图形应用程序配置inter配置和运行附加组件应用程序

面对。